A biztonságos munkavégzés érdekében és a folyamatirányító rendszer követelményei miatt a reaktor vezérlését külön irányítóteremből végezzük. A reaktorok megfigyelését az irányítóterem falába épített robbanásbiztos kémlelőablakokon keresztül végezhetjük. A légkondicionált helyiségben kapott helyet a glikolos termosztát és a folyamatirányítást végző számítógépek is.
Folyamatirányító szoftvernek a piacon jelenleg elérhető legmodernebb Yokogawa szoftvercsomagot vásároltuk meg. Ugyanez a szoftver fut a környék vegyipari üzemeiben (TEVA, TVK) is, így az itt megszerzett tudás változtatás nélkül alkalmazható ipari környezetben is. A grafikus felületen a reaktor egyszerűsített folyamatábráján könnyen áttekinthető módon egyszerre kapunk információt a reaktor állapotjellemzőiről és a szelepek állásáról. Összetett technológiák esetében lehetőségünk van automata programok írására és futtatására. Kézi módban minden egyes szerelvényt külön be és kikapcsolhatunk, illetve beállíthatjuk a kívánt alapjelet. Az állapotjellemzőket a szoftver folyamatosan rögzíti, lehetőséget teremtve a reakció során fellépő hibák azonosítására és kijavítására. Az internetes kapcsolatnak köszönhetően a reakciók felügyelete az épület más részeiből, vagy akár otthonról is könnyen elvégezhető. A számítógépes terminálról érkező jelek feldolgozását és vezérlőjellé alakítását nagyteljesítményű pneumatikus PLC rendszer végzi. A rendszer kapacitása lehetővé tenné 20-30 reaktor komplett irányítását is, így újabb anyagi források függvényében a PLC irányítás kiépítését tervezzük a kisüzem összes készülékére.